O tratamento endodôntico é composto por etapas. Dependendo do quadro clínico em que se encontra o dente, o dentista optará por uma seção única ou mais de uma seção para executar esse tratamento.

Em todas as situações o protocolo inicia-se com uma minuciosa anamnese (entrevista com o paciente), para que seja coletado todas as queixas, se faz o uso de alguma medicação, se possui problemas de saúde e, também, especificamente em relação ao problema que o motivou a procurar o dentista (quando começou a dor, como é essa dor, etc.).

O profissional lançará mão de exames para ajudar no diagnóstico, como testes de sensibilidade, radiografias e outros exames que julgar serem necessários.
Após estabelecido o diagnóstico, o cirurgião-dentista vai iniciar o procedimento de fato. Primeiramente, a anestesia, quando necessário, seguida pela abertura dos canais, instrumentação e irrigação (para eliminar as bactérias), inserção de uma medicação dentro dos canais (caso necessário), obturação (os canais serão preenchidos e selados) e, por fim, a restauração do dente.